Cuando hemos realizado dos o más búsquedas relativas a datos analíticos en uno o los dos ficheros disponibles, habremos obtenido varias listas de compuestos que se aproximan en alguna de sus propiedades al compuesto problema que queremos identificar.
Encontrar cuales verifican simultáneamente todos los requisitos puede resultar un poco tedioso si se hace consultando manualmente las listas obtenidas y esto lo podemos evitar utilizando las rutinas de cruce de resultados de que dispone el programa.
Al efectuar los cruces de las listas de resultados de dos de las técnicas analíticas el número de compuestos seleccionados se reduce mucho, frecuentemente a sólo dos o tres compuestos y si hacemos cruce de tres o más técnicas analíticas el resultado se reduce aún más, quedando seleccionado, en la mayoría de los casos, sólo el compuesto que estamos buscando.
Los cruces se pueden hacer al final de todas las búsquedas realizadas en cualquiera de los dos ficheros, independientemente del orden en que se hayan efectuado, por lo que es posible hacer primero las búsquedas en los dos ficheros y después cruzar los resultados para ambos.